Descripción general
La diferencia fundamental entre IMAP y POP3 yace en cómo y por cuánto tiempo se guarda el correo en el servidor de correo.
POP3
Cuando se usa POP3, los mensajes se borran del servidor de correo cuando se descargan. Esto significa que los mensajes solamente se pueden acceder desde la computadora donde se han descargado. Aunque esto conserva los recursos de disco del servidor de correo, limita cómo sus usuarios pueden acceder su correo electrónico. POP3 no requiere una conexión constante mientras se lee el correo.
IMAP
Cuando se usa IMAP, los mensajes se guardan permanentemente en el servidor de correo. Esto significa que se pueden acceder por un número ilimitado de computadoras mientras el usuario tenga la información de entrada al sistema correcta. Aunque es conveniente, por lo general este método requiere más espacio de disco dedicado porque hay usuarios que no borran su correo viejo. Sin embargo, el mensajero IMAP aún es viable en un servidor de correo con pocos recursos, siempre y cuando los usuarios monitoricen su uso de disco y borren los mensajes viejos cuando sea necesario. Es importante saber que IMAP requiere una conexión constante mientras se lee el correo.
Por lo general, IMAP es el mensajero preferido entre anfitriones web y usuarios debido a su conveniencia. Considere cuidadosamente los recursos disponibles en su sistema antes de que usted escoja un mensajero.
Fuente: Documentación CPanel/WHM